Nato a Foligno nel 1947, è stato ordinato sacerdote il 26 settembre 1970. Ha compiuto la formazione sacerdotale prima presso il Pontificio seminario regionale umbro e successivamente presso il Pontificio istituto biblico dove è stato allievo di Carlo Maria Martini. In seguito è stato docente di sacra scrittura nell’Istituto Teologico di Assisi dove ha avuto come allievo Giulio Michelini. Durante il suo ministero sacerdotale ha ricoperto vari altri incarichi tra i quali spicca il ruolo di parroco di San Michele Arcangelo in Cave (Foligno), direttore dell’Ufficio Catechistico Nazionale, sottosegretario della Conferenza Episcopale Italiana e organizzatore della Giornata Mondiale della Gioventù di Roma in occasione del Giubileo del 2000. Dal febbraio 1984 fino al maggio 2001 è stato canonico del capitolo della cattedrale di San Feliciano. È stato inoltre segretario generale del sinodo diocesano di Foligno celebratosi dal gennaio 1986 al maggio 1991 e presieduto dal vescovo Giovanni Benedetti.

A livello regionale è stato dal 1977 al 1991 membro della segreteria del “Centro regionale umbro di pastorale”, che ha retto come direttore dal 1981 al 1985. La collaborazione con la Conferenza Episcopale Italiana, iniziata nella stesura dei catechismi elaborati dall’Ufficio Catechistico Nazionale, si è estesa poi alla segreteria generale, negli studi preparatori e nella redazione di diversi documenti. Dal 1986 al 1991 è stato membro del comitato per gli istituti di scienze religiose.

Dal 1980 è socio ordinario dell’“Accademia fulginia di lettere scienze e arti di Foligno” e, dal 1998, socio della “Società internazionale di studi francescani”. Dal 1995 al 2008 è stato membro della commissione di vigilanza del Pontificio seminario lombardo in Roma. È stato coordinatore della segreteria del terzo convegno ecclesiale nazionale celebratosi a Palermo nel 1995. Ha fatto parte del comitato preparatorio del ventitreesimo congresso eucaristico nazionale di Bologna (1997) come membro della commissione teologica.

Ha speso gran parte del suo mandato sacerdotale come assistente dell’Istituto San Carlo di Foligno aiutando i giovani della diocesi a diventare adulti nella fede e cittadini responsabili.

È stato nominato da papa Giovanni Paolo II all’incarico di segretario generale della CEI il 5 aprile 2001 con lettera del Cardinale segretario di Stato, Angelo Sodano n. 477945/P del 2 aprile 2001e, allo stesso tempo, vescovo titolare di Falerone. Fu consacrato vescovo il 6 maggio 2001 nella cattedrale di San Feliciano a Foligno dal cardinale vicario Camillo Ruini, allora presidente della CEI, co-consacranti gli arcivescovi Ennio Antonelli (oggi cardinale) ed Antonio Buoncristiani, i vescovi della diocesi folignate Giovanni Benedetti ed Arduino Bertoldo e concelebranti altri vescovi dell’Umbria.

Ha rivestito gli incarichi di presidente della Commissione Presbiterale Italiana, presidente del Centro Universitario Cattolico e presidente del consiglio di amministrazione della Fondazione di Religione Santi Francesco d’Assisi e Caterina da Siena.

Il 6 aprile 2006 papa Benedetto XVI lo ha riconfermato nell’incarico di segretario generale della CEI, per un ulteriore quinquennio.

L’8 settembre 2008 lo stesso papa lo ha nominato arcivescovo di Firenze. È presidente della Conferenza episcopale toscana dal 10 febbraio 2009.

Il 4 novembre 2011, a Firenze, ha subìto un attentato da parte di uno sconosciuto, che ha ferito il suo segretario con un colpo di pistola e poi avrebbe tentato di uccidere lo stesso Betori.

Papa Benedetto XVI lo ha creato cardinale nel concistoro del 18 febbraio 2012, assegnandogli il titolo di San Marcel- lo. Fino alla creazione del cardinale Pietro Parolin è stato il porporato italiano più giovane.

Il 17 maggio 2014 papa Francesco lo ha nominato membro del Pontificio consiglio per i laici. Il 9 giugno lo stesso papa lo ha nominato membro della Congregazione per il clero. Dopo essere stato membro della Congregazione per l’Educazione Cattolica, del Pontificio Consiglio per i Laici e del Pontificio Consiglio per la Cultura, al momento è membro della Congregazione per il Clero e della Congregazione per le Cause dei Santi.

La vocazione che lo ha sempre portato al servizio della cristianità racconta la storia del Cardinale Giuseppe Betori che con equilibro e intelligenza ha saputo conciliare spiritualità e vita ecclesiastica. Il servizio per la comunità e il rapporto con la cristianità trovano in lui perfetta sintesi espressa nei molti anni da segretario generale della CEI.
Riceve il Premio della Pace in rappresentanza della Conferenza episcopale toscana che guida in qualità di Presidente dal 2009.
I suoi cinquant’anni di sacerdozio recentemente festeggiati lasciano un’impronta rilevante destinata ad espandersi nella nostra storia, un’impronta di uomo mite, equilibrato e sempre attento al bisogno del prossimo.